Ordynariusz diecezji legnickiej urodził się 2 lipca 1946 r. w Smarzewie na Pomorzu. Jest profesorem nauk teologicznych. W latach 2002–2014 był biskupem diecezjalnym siedleckim.
Święcenia kapłańskie przyjął w 1971 roku po ukończeniu Wyższego Seminarium Duchownego w Gnieźnie. Zanim wstąpił do seminarium przez dwa lata studiował na Politechnice Poznańskiej. Po święceniach kapłańskich studiował na Papieskim Instytucie Biblijnym w Rzymie (1972-1976).
W latach 1982-1986 był wicerektorem Wyższego Seminarium Duchownego w Gnieźnie. Od 1987 wykłada teologię biblijną i misjologię na Papieskim Uniwersytecie Urbaniańskim w Rzymie a od 1990 teologię biblijną i etykę na Papieskim Uniwersytecie św. Tomasza w Rzymie – Angelicum.
W listopadzie 1999 roku ks. Kiernikowski prowadził doroczne rekolekcje dla polskich biskupów na Jasnej Górze. Motywem przewodnim zaproponowanych przez niego rozważań był 12. rozdział Listu do Rzymian oraz miejsce pasterzy we wspólnocie.
W Polsce ks. Kiernikowski znany jest także jako autor cieszącej się dużym zainteresowaniem czytelników książki pt. "Dwoje jednym ciałem w Chrystusie. O chrześcijańskim małżeństwie i rodzinie jako sakramencie zbawienia ".
Od kilkunastu lat łączy pracę naukowo-dydaktyczną z urzędem Rektora Papieskiego Instytutu Polskiego w Rzymie. Jako znawca zagadnień biblijnych zauważa potrzebę "teologii żywej", będącej na usługach wiary i duszpasterstwa. W swoich pracach umiejętnie i skutecznie łączy podejście naukowe z życiowo-praktycznym. Wielokrotnie powtarza, że tylko wtedy, kiedy Biblia odczytywana jest w perspektywie konkretnych ludzkich doświadczeń, kiedy odpowiada na pytania i problem współczesności, staje się prawdziwie "pokarmem duchowym wszystkich chrześcijan".
Bp Kiernikowski związany jest z Drogą Neokatechumenalną. Jest pierwszym na świecie biskupem, który jako ksiądz ukończył Drogę Neokatechumenalną. "Nasza epoka to już po części epoka postchrześcijańska – mówił bp Zbigniew Kiernikowski w wywiadzie dla KAI. Dodaje, że współczesna rodzina zasadniczo przestała już być miejscem kształtowania wiary. Dlatego jest niezbędna pogłębiona i stała formacja o charakterze katechumenatu.
28 marca 2002 papież Jan Paweł II mianował go biskupem diecezjalnym diecezji siedleckiej. Święcenia biskupie otrzymał 20 maja 2002 w Bazylice św. Piotra w Rzymie. Udzielił mu ich kardynał Angelo Sodano, sekretarz Stanu Stolicy Apostolskiej.
25 maja 2002 kanonicznie przejął diecezję, a 7 czerwca odbył ingres do katedry siedleckiej. Jako dewizę biskupią przyjął słowa „Evangelio oboedientia – Eucharistia” (Posłuszeństwo Ewangelii – Eucharystia).
W 2007 objął swą jurysdykcją wiernych parafii obrządku neounickiego w Kostomłotach.
W Konferencji Episkopatu Polski został przewodniczącym Zespołu ds. Kontaktów z Konferencją Episkopatu Francji, członkiem Komisji Duchowieństwa i Komisji Duszpasterstwa oraz Zespołu ds. Społecznych Aspektów Intronizacji Chrystusa Króla.
Dwukrotnie, w 2005 i 2008 r., brał udział w Synodzie Biskupów w Rzymie. W 2013 konsekrował biskupa pomocniczego siedleckiego Piotra Sawczuka.
16 kwietnia 2014 r. papież Franciszek zwolnił go z funkcji biskupa siedleckiego i mianował go biskupem diecezji legnickiej. Od 28 czerwca 2014 roku, dnia swojego ingresu do katedry legnickiej, jest ordynariuszem diecezji legnickiej.